国际杀手组织“九纹龙”内部发生分裂。新一代“自由人”七海接到任务：抹除组织的一切旧档案，包括上一代自由人“龙”的血脉。龙在十五年前金盆洗手，与妻女隐居在濑户内海的一座小岛上。但龙已病逝，留下的只有他十六岁的女儿——从未杀过人、却继承了父亲所有暗杀技巧的少女小夜。七海登岛后发现，小夜不仅是目标，更是他逝去恋人的妹妹。与此同时，另一支由科技武装组成的杀手小队也受雇上岛，要夺取龙留下的“暗杀兵法”。七海必须在保护小夜、对抗科技杀手、以及阻止小夜因复仇而成为下一个“自由人”之间做出选择。泪水与刀光交织，海浪与血泊相融。
系列最强作。打斗回归了第一部的写实与优雅，水墨风格的杀戮瞬间美到窒息。情感线虐心但不狗血，小夜的成长弧光完整动人。反派设计极具压迫感。这是成人动画该有的样子。
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